1、五岁的宗介与妈妈理莎，住在一个靠海小村庄的山崖上。身为船长的爸爸长年出海，留下宗介与妈妈相依为命。因此五岁的宗介从小就超龄的懂事，也知道自己必须担起家中的责任，要代替父亲照顾妈妈。一天当他在山崖下岩石遍布的海滩上玩耍，他拾回了一只头困在玻璃瓶里的人鱼波妞，宗介救出波妞并且将她养在一个绿色的塑胶水桶里。
2、波妞与宗介相互着迷。宗介跟波妞说：“别担心，我会保护你、好好照顾你。”，但是波妞的父亲魔法师藤本，逼着波妞跟他回海里。波妞坚决不肯并开始大吵大闹，她心意已决，要变成人类小女孩回到宗介的身边，于是波妞竟然决定离家出走。就在她离家之前，波妞把爸爸最珍藏的“生命之水”倒到海水里。这个举动造成极大的动荡，海平面开始快速上升，波妞的妹妹们都变成了鱼形的巨大海浪并吞噬了宗介住的小镇还差点连宗介山崖上的家都波及。