合并图层的快捷键为“Ctrl+ E”，在几种情况下使用的效果也不同。
1、在只选择单个图层的情况下，按下“Ctrl+ E”将与位于其下方的图层合并，合并后的图层名和颜色标志继承自原其下方的图层。
2、在选择了多个图层的情况下，按下“Ctrl+ E”将所有选择的图层合并为一层，合并后的图层名继承自原先位于最上方的图层。但颜色标志不能继承。注意CS及更早版本需要将多个图层进行链接后才可进行多图层合并，合并后的图层名以合并前处于选择状态的图层为准。
3、【图层】|【合并可见图层】，此操作的快捷键为“Ctrl+ Shift+ E”组合键，它的作用是把所有处在显示状态的图层合并，在隐藏状态的图层则不作变动。
4、【图层】|【拼合图像】则是将所有的层合并为背景层，如果有图层隐藏拼合时候会出现如下图的警告框。如果按下好，原先处在隐藏状态的层都将被丢弃。