1、水彩笔的笔头一般是圆的，而马克笔的笔头一般是扁的，也有圆头和尖头。
2、马克笔有水性和油性2种，水彩笔只有1种水性的。油性马克笔多用于一次性的快速绘图，水性马克笔色彩明亮，能够溶于水。
3、水彩笔一般是12色、24色、36色整盒卖，而马克笔是单独卖的。
4、马克笔能叠色，而水彩笔不能叠色，马克笔比水彩笔更容易上色。
5、水彩笔水分足，色彩丰富，但水分不均匀，不能混色，一般适合画儿童画；马克笔水分均匀，色彩对比较弱，可以用来画建筑效果图、设计效果图以及POP广告等，更加适合专业人士。
6、马克笔的价格比水彩笔高。