1、先将营业执照补办回来，因为注销公司的过程需要用到营业执照的正副本原件。所以，注销营业执照丢失的公司，首要第一步就是补办营业执照。
2、补办营业执照的流程是这样，第一步到地市级以上的报纸，刊登《营业执照遗失声明》，在遗失声明里面把丢失的营业执照字号名称、注册号刊登清楚，声明该营业执照失效。第二步：拿着刊登了遗失声明的报纸到当时办理营业执照的所属地根据要求递交补办营业执照资料，等着下证即可。
3、补办回来再按照正常的注销公司流程：清算→注销备案→注销登报公告→税务注销（先国税然后地税）→注销工商→注销银行户→注销公章。完成最后一步公章注销后，即是成功注销掉营业执照丢失的公司。相对正常公司注销，丢失营业执照公司注销，多了一步营业执照补办的环节，所以时间上会更长一些。