1、修剪花椒树的时间最好是选在每年春秋两季，此段时间气候比较合适，花椒树处于长势最快的时候，修剪后伤口也更容易恢复。注意在进行修剪时，要选择晴天进行，阴雨天不可修剪。
2、修剪部位：在花椒树生长的第一年，不需要过多的修剪，主要以定型为主，只需要给一些过长的枝条剪短一点即可，让植株保持在一个合适的高度。而等花椒树成熟以后，需要进行修剪的地方就比较多了。首先要观察植株生长得过于密集的枝条、以及瘦弱枝条，这些都需要适当去除，让养分集中与于健壮的枝条之上。
3、花期修剪：在花椒树花期时，也可以进行适当的修剪，观察树上那些无法开花的枝条，可以适当的剪去一段，让养分更多的提供给能开花的枝条，让花朵更加密集，这样才能使之结出的果实质量更好。
4、果期修剪：花开之后就慢慢的结果了，此时也可进行修剪，和花期修剪差不多，剪去那些不饱满的果实，让其他健康的果实能更好生长。