1、地窖保存法。将巨菌草种苗茎秆尖上面留50cm左右叶子，以50根一捆，直接放入地窖，对较长的植株可将其砍成两段，用塑料薄膜包扎捆好，再放入地窖保存，直到翌年3月后，再切成一芽一节，用于栽培。该方法投资少，管理简单，适宜农户小面积种植采用。
2、挖坑保存法。选择地势较高处（地下水位低于200cm），坑挖深150cm，然后铺10cm厚稻草，将不剥叶片留尖的巨菌草以50根为一捆放入坑内，每坑装入10－15捆。若天气太干需在装坑时撒水淋透，盖20－30cm或盖塑料薄膜后用20－30cm泥土覆盖，保存温度控制在10－12℃，到年3月挖出切节种植，该方法适宜批量留种使用。
3、塑料大棚法。将巨菌草种株，按每平方米20窝，连根移栽到塑料大棚内，根茎间隙用泥土覆盖，然后浇足水。日常管理重点是通风、保温，控制棚内温度在5－15℃内，相对湿度在80%－90%。此种方法投资大，越冬效果最佳，适宜大规模保种采用。
4、冬季扦插育苗过冬法。当年11月将扦插育苗地翻犁、整平、开畦、畦与畦之间留沟40cm左右，作为水沟和工作道。然后将种茎一芽一节斜切，芽眼上部留短，下部留长，斜插入畦土内，株距5－6cm，用水浇湿透后覆盖地膜，并在地膜上面用竹条拱盖一层厚膜，保持温度在12℃以上，当温度超过25℃时需要揭膜通风，低于20℃需盖膜，直到翌年2月下旬，待长出2－3片叶子后，即可拔苗移栽。该方法适宜大面积推广采用，不仅为来年赢得时间，还可以降低用种量。