1、监督主体不同。在党和国家监督体系语境下的审计监督主体主要是指各级国家审计机关，包括审计署、省审计厅、市审计局和县审计局等四级审计机关。而党内监督主体主要包括以下四种：党的中央组织、党委（党组）、党的纪律检查委员会、党的基层党组织和党员。其中，党的各级纪律检查委员会是党内监督的专责机关，履行监督执纪问责职责。
2、监督对象有交叉。党内监督的对象包括党的各级组织和全体党员，重点对象是党的领导机关和领导干部特别是主要领导干部。而审计监督对象主要包括国家机关、人民团体、国家的事业组织、国有和国有资本占控股地位或者主导地位的企业（含金融机构），其他管理、分配和使用公共资金、国有资产、国有资源的单位，以及其主要负责人。其中“主要负责人”是指党政主要领导干部和国有企事业单位主要领导人员，这与党内监督的重点对象“主要领导干部”存在一定的交叉。
3、监督内容不同。根据《中国共产党党内监督条例》第5条规定，党内监督的内容主要是：(1)遵守党章党规，坚定理想信念，践行党的宗旨，模范遵守宪法法律情况；(2)维护党中央集中统一领导，牢固树立政治意识、大局意识、核心意识、看齐意识，贯彻落实党的理论和路线方针政策，确保全党令行禁止情况；(3)坚持民主集中制，严肃党内政治生活，贯彻党员个人服从党的组织，少数服从多数，下级组织服从上级组织，全党各个组织和全体党员服从党的全国代表大会和中央委员会原则情况；(4)落实全面从严治党责任，严明党的纪律特别是政治纪律和政治规矩，推进党风廉政建设和反腐败工作情况；(5)落实中央八项规定精神，加强作风建设，密切联系群众，巩固党的执政基础情况；(6)坚持党的干部标准，树立正确选人用人导向，执行干部选拔任用工作规定情况；(7)廉洁自律、秉公用权情况；(8)完成党中央和上级党组织部署的任务情况。而审计监督内容主要包括“公共资金是否得到合理使用、国有资产投资运营是否得到增值保值、国有资源是否得到有效配置”以及“主要负责人履行经济责任、自然资源资产管理和生态环境保护责任情况”等。由此也可以看出，由于监督对象的不同，导致监督内容也存在着较大的区别。
4、监督方式不同。根据《中国共产党党内监督条例》的规定，党内监督方式主要包括执纪审查、巡视巡察、党内谈话、领导干部述责述廉、个人有关事项报告、插手干预重大事项记录等多种监督形式。根据审计法的规定，审计方式主要包括审查会。
5、审计监督体系中,处于主导地位。