1、先告知企业的员工，下载个税APP，注册并进行认证，同时填写六项扣除费用，这六项费用，可以直接抵减员工的个税。
2、员工在个税APP端填写好扣除费用之后，财务人员登录自然人税收管理系统。
3、进入系统之后，点击扣除信息采集，把员工在个税APP端上传的个税扣除信息，下载到申报系统。
4、下载好员工的扣除信息之后，返回主界面，点击综合所得申报，页面跳转，点击正常工资薪金所得。
5、点击正常工资薪金所得之后，页面会弹出个税申报明细表，在本期收入处，填写发放给员工的工资。
6、填写好个税申报明细表之后，点击税款计算，同时填写申报密码，点击确认；
7、点击确认之后，点击申报表报送，页面会弹出企业代扣代缴的个税，如果员工未达到起征点，应补退税处会显示为零，点击发送报表即可。