1、价格不同：价格上看，聚氨酯防水涂料的价格要高些，并且，由于聚氨酯防水涂料的防水层厚度要求比聚合物水泥基防水涂料的要厚一点，材料用量自然也就多，因此，采用聚合物水泥基防水涂料的费用相比更经济。
2、性能不同：看性能，聚氨酯防水涂料的防水膜表面抗拉强度很低，耐冲击，穿刺等性能较差；而聚合物水泥基防水涂料一般分刚性和柔性两种，抗冲击性能更好，因此相比下聚合物水泥基防水涂料的寿命会更长。施工上，聚合物水泥基防水涂料也更为简便。
3、环保性不同：看环保，聚氨酯防水涂料具有有害物质，施工时会挥发出较浓的异味，同时油性防水涂料不溶于水，要用化学液体溶解，也是造成其不环保的原因。相比，水性的聚合物水泥基防水涂料则不会有这种危害，其性质与水泥接近，环保无毒。
4、两者的联系，其基本材料的物理和化学性能都一致，都是在稀释剂挥发后形成致密性涂膜，达到防水效果。