1、排放标识不同。国五排放标准的标识是“V”。国六排放标准的标识是“Ⅵ”。
2、排放标准不同。国五标准排放控制水平相当于欧洲正在实施的第5阶段排放标准。欧盟已经从2009年起开始执行，其对氮氧化物、碳氢化合物、一氧化碳和悬浮粒子等机动车排放物的限制更为严苛。从国Ⅰ提至国Ⅳ，每提高一次标准，单车污染减少30%至50%。国六的排放标准比国五严格30%以上。在排除了工况和测试影响的情况下，汽油车辆关于一氧化碳的排放量降低50%，总碳氢化物和非甲烷总烃的排放量下降50%，氮氢化合物排放也下降42%。
3、实施时间不同。国家第五阶段机动车污染物排放标准于2017年1月1日起在全国实施。2016年12月23日，环境保护部、国家质检总局发布《轻型汽车污染物排放限值及测量方法（中国第六阶段）》，自2020年7月1日起实施。