1、剧情关联不同。03版动画剧情前半以原作漫画单行本前7卷剧情为基础大幅改编，后半由于追上原作漫画连载进度，为避免与连载中的原作漫画出现相互冲突，转为向原创故事发展；09版的是完全按照原作漫画创作的，根据日本漫画家荒川弘创作的漫画作品改编的二度动画化作品，采用原作漫画剧情。
2、集数不同。03版动画于2003年10月4日开始在日本MBS/TBS系电视台播放第1话，直至2004年10月2日播放最终话，全长51话；2009年4月5日，由BONES制作，入江泰浩任监督，大野木宽任系列构成的电视动画《钢之炼金术师 FULLmetaL ALCHEMIST》正式开播，全长64话。