1、别云间的主旨是：作者被清廷逮捕后，在解往南京前临别松江时所作。上海松江县，古称云间，即作者的家乡。作者在此诗中一方面抱着此去誓死不屈的决心，一方面又对行将永别的故乡，流露出无限的依恋和深切的感叹。
2、颔联抒写诗人按捺不住的满腔悲愤。大明江山支离破碎，满目疮痍，衰颓破败，诗人一直冀盼明王朝东山再起，可最终时运不济，命途多舛，恢复故土、重整河山的爱国宏愿一次次落空，他禁不住深深地失望与哀恸，忍不住向上苍发出“谁言天地宽”的质问与诘责。
3、颈联坦露对故乡、亲人的依恋不舍之情。无论怎样失望、悲愤与哀恸，诗人终究对自己的人生结局非常清醒。想起这一切的一切，诗人内心自然涌起对家人深深的愧疚与无限依恋。