1、产地不同：玛瑙：世界上玛瑙著名产地有：中国、印度、巴西、马达加斯加、美国、埃及、澳大利亚、墨西哥等国。墨西哥、美国和纳米比亚还产有花边状纹带的玛瑙，称为“花边玛瑙”。美国黄石公园、怀俄明州及蒙大拿州还产有“风景玛瑙”。黄龙玉：主要分布在中国的小黑山、龙江乡、镇安镇，龙陵县龙新乡小黑山是最主要的产地，产量巨大，存储量也最大，所占面积可达到四十多平方公里，其中优质的黄龙玉矿产可占1/20，也就是二平方公里左右。
2、颜色不同：玛瑙：玛瑙石有自然色的，也有后加工染色的。玛瑙的自然色常见的有：红玛瑙、蓝玛瑙、绿玛瑙、紫玛瑙、黑玛瑙、白玛瑙、灰玛瑙、黄玛瑙。黄龙玉：黄龙玉主要以黄色和红色为主色调，常因微量元素的种类和含量呈现出丰富多彩的颜色，黄龙玉同时拥有多种色系。颜色也俗称色，它的颜色应以浓（浓郁）、阳（鲜明）、正（纯正）、和（柔和）为准。