截止2019年12月，南通市下辖三个区，分别为：
1、崇川区
位于江苏省中部，长江入海口北岸，是南通市市委、市政府驻地。截止2019年12月，下辖10个街道，1个开发区，分别为：
城东街道、和平桥街道、任港街道、新城桥街道、虹桥街道、学田街道、钟秀街道、文峰街道、观音山街道、狼山镇街道，南通崇川经济开发区。
2、港闸区
位于长江入海口北岸，南通市区中部，西部以九圩港河为界，与通州区平潮镇隔河相望，北部与通州区刘桥镇、东部与通州区兴仁镇接壤。截止2019年12月，下辖6个街道，1个开发区，分别为：
唐闸镇街道、秦灶街道、幸福街道，陈桥街道，港闸经济开发区（永兴街道、天生港镇街道）。
3、通州区
位于江苏省东南部，长江三角洲东北翼，东临黄海，西枕长江，东南临海门市，西临南通市港闸区、崇川区，西、北与如皋市、如东县接壤。截止2019年12月，下辖4个街道、12个镇，分别为：
金沙街道、金新街道、兴东街道、先锋街道；张芝山镇、五接镇、川姜镇、石港镇、西亭镇、二甲镇、东社镇、十总镇、刘桥镇、平潮镇、兴仁镇、三余镇。