1、性质不同。
（1）人大是国家权力机关，国家行政机关、审判机关、检察机关都由人大产生，对它负责，受它监督。人大是实现和保证我国人民当家作主的根本政治制度，体现了社会主义制度的优越和社会主义民主的广泛性。人民代表大会制度是以人大这一国家权力为基础和核心的政治制度，属于国家政权制度的范畴。
（2）政协不是宪法规定的国家机构，它是中国人民爱国统一战线的组织，是我党领导的多党合作和政治协商制度的一项基本政治制度，属于中国特色的社会主义政党制度的范畴。
2、法律地位不同。
（1）全国人大是最高国家权力机关，地方各级人大是地方国家权力机关。作为国家权力机关的人大是全权的、至高无上的，在中国人大制度下，不存在立法、司法和行政三权之间的制衡关系，“一府两院”（政府、法院、检察院）是人大的执行机关，它们由人大产生，对人大负责，受人大监督。
（2）政协不产生“一府两院”，故不存在“一府两院”
对政协负责，受它的法律监督和工作监督。
3、职能和作用不同。
（1）人大的职能依据宪法和法律规定，概括起来主要有四个方面：即立法权、任免权、监督权和重大事项决定权。而且人大制度还是坚持党的领导的制度保证，因为根据宪法和《中共中央关于加强党的执政能力建设的决定》的规定，党执政是通过人大依法实现的，如果离开了人大，党对国家政权的领导就失去了制度载体，党执政就形同虚设。人民当家作主掌握国家政权是社会主义民主政治的本质要求，也是党执政的根本目的。
（2）政协的职能主要是围绕团结和民主两大主题，认真履行政治协商、民主监督、参政议政的职能。人大最主要的职能是党通过人大依法执掌政权，而政协则是参政议政。也就是说，人大是人民掌握国家政权、行使国家权力的法定形式和法定制度，宪法规定：“人民行使国家权力的机关是全国人民代表大会和地方各级人民代表大会。”在作用上，政协是在决策之前对有关重要问题进行协商。而人大是在协商后表决作决策，决策后“一府两院”执行。