1、光线
燕窝的保存要避免阳光直晒，否则会坏掉。很多人不注意燕窝的保存方法，不小心让燕窝受潮了，然后就拿到阳光下去晒干，结果燕窝全坏掉了。
2、温度
温度在5度左右，这样就能更长久地保存燕窝啦!也可以放在尽量远离高温的地方。干燕窝应在阴凉干燥处保存，注意通风、防潮、防霉、冷藏更佳
3、器材
能够密封的最好，推荐用密封保鲜盒，也可以用普通的密封盒。
4、时间
燕窝并非存放越久越好，其主要成分是蛋白质，存放太久会影响燕窝营养价值。建议最佳保存不超过两年，若存放两年以上，一会影响燕窝的营养，二会使燕窝难以浸发，炖后口感亦不佳。
5、发酶处理
若因保存失当而发现燕窝有轻微发霉，可用牙刷加少许水分擦净，再风干即可。若燕窝是局部霉变已变色，只要把霉变部分切下来，剩余部分仍能正常食用。若燕窝已发霉到变黑色，则不能食用，因为燕窝已经被细菌侵蚀，当中的营养成分也已经丧失。
6、优质干身的燕窝保质期都是三年。放在阴凉及不被阳光直射之处即可，如果量大就要放入恒温冷藏。