1、臭氧杀菌法：利用臭氧的杀菌作用来达到清洗净水器的目的，在清洗时，排空机内剩水后，将消毒机的接口和净水器的入水口对接上，将臭氧注入净水器内胆，经过大约20分钟后的熏蒸，装上水桶后放出少量的水，在经过臭氧杀菌清洗后，一两个小时就可以喝到放心的水了。
2、加压过滤法：在清洗时，将清洗机的一端接到净水器的入水口，另一端接入净水器下部的排水口，形成一个闭环循环，同时采用专用消毒清洗剂，可以充分达到清洗的目的，然后通过机械压力可以将水垢和杂质完全排出。
3、药片或消毒剂清洗法：清洗家用净水器所采用的方法是用去污泡腾片或专用消毒剂。去污泡腾片这种含氯的药片经水分解后，可以有效杀灭大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，白色念珠菌等病菌。