1、培养方向的区别。学术型研究生教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业学位研究生则注重应用实践能力，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2、招生条件的区别。专业学位研究生分两种情况：一种情况要求报考者有一定年限的工作经历，例如部分专业硕士要求在职人员报考，需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等；另一种情况，与学术型研究生相同，不要求工作经历。
3、学习方式的区别。学术型研究生为全日制学习，学制一般为3年；专业学位研究生分为全日制学习和半脱产两种形式，学制2-3年。
4、学习费用的区别。2014年秋季学期起，教育部规定各大高校硕士研究生教育开始实行收费制度。学术型研究生学费一般为8000元/年，不同专业有所不同；专业硕士学费一般由10000元/年往上不等，专业硕士学费按照不同专业类别差别较大，MBA的学费要十几甚至几十万元。