1、花色不同。海芋花的花色很简单，大部分海芋花开出的花多为白色，基本没有其他颜色的海芋花存在。马蹄莲的花色却十分多变，不仅仅有白色马蹄莲，还有红色，黄色，紫色等等马蹄莲的存在。
2、有无种子。马蹄莲是在花谢以后很少会出现种子的植物。而海芋花在花凋谢后里面红色晶莹的籽棒就会露出了，很多人还会在它完全成熟以后，收取海芋花的种子，然后在第二年春天用这些种子来直接种植新的海芋花。
3、海芋花花蕊是特别粗壮的，但是马蹄莲这种植物的花蕊却非常小，不过它的花蕊数量相比海芋花要较多。
4、花瓣形状不同。海芋花的花瓣形状是半鹰嘴形，而马蹄莲的花瓣的形状是杯子形。