1、地面堆码贮藏。选用没有直射光、空气流通，土质或红砖地面的空屋作贮藏室。地面垫5cm厚稻草或麦秸，将老熟、无损伤南瓜堆上。堆放时，保持南瓜挨着地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜顶向外码成圆锥形。每堆15～20个，大型瓜不要堆得太多，防止挤压，并有利于通风。初期夜间开窗通风换气，白天关闭遮阳，保持室内空气新鲜、干燥和凉爽；冬季关闭门窗防寒。
2、架式分层贮藏。贮藏室内用竹木或角铁搭成分层贮藏架，每层高度比南瓜高8～10cm。每层贮藏架上铺5cm厚稻草或麦秸。南瓜摆放状态与堆藏相同，架式分层贮藏效果优于地面贮藏。
3、地窖低温贮藏。地上铺垫5cm厚的细沙或麦秸、稻草，堆放2～3层瓜；也可搭架子将南瓜放在架子上。窖内温度控制在10℃左右，相对湿度保持70%～80%。贮藏前要注意选好南瓜，适期采收，不能遭受霜打，瓜蒂处保留5cm长的瓜梗，防止机械损伤。贮藏中要注意勤检查，发现有病斑的瓜立即剔出以免感染好瓜。
4、打蜡储存。除了把南瓜放在通风的地方，观赏性的南瓜如果能够放在液体蜡中浸一下，就可以保存一年左右基本没有问题。