1、金针菇不能和寒性食物一起吃。金针菇从食物属性来看属于寒性的食物，含有较多的寒气，而生活中金针菇除了煮汤食用外，还常用来做凉菜食用，因此，寒性较重，不宜和其他的寒性的食物一起吃，以免引起脾胃虚寒，出现消化不良。常见的寒性食物有：鸭肉、苦瓜、冬瓜、绿豆、黄瓜等。
2、金针菇不宜和高粗纤维食物一起吃。金针菇含有大量的粗纤维，而食用有时整根食用的，胃肠很难完全消化掉，若是同时在和其他的高粗纤维食物一起食用，容易导致消化不良，出现便秘症状。常见的高粗纤维食物：芹菜、韭菜、竹笋、蒜苗等。
3、金针菇不宜和高钙食物一起吃。钙的吸收需要维生素D的参与，而维生素D在人体中是有限的，往往补钙人群都需要额外补充维生素D，而金针菇中含有较多的磷，磷的吸收也需要维生素D的参与，会间接的抑制钙质的吸收，降低补钙作用。常见的高钙食物有：动物骨头、虾蟹等软甲食物、牛奶等。
4、金针菇不宜和蛤蜊一起吃。金针菇中含有较多的维生素B1，B族维生素是人体必须的一类营养素，并且在很多食物中都不含有，而蛤蜊中含有维生素B1的分解酶，和金针菇一起食用会直接分解维生素B1，降低食物营养价值。