1、乌龟蛋应竖着存放，并且大头朝上。新鲜的乌龟蛋蛋白浓稠，能够有效地固定蛋黄位置。但随着存放时间的延长，蛋白中的黏液素就会在蛋白酶的作用下慢慢变稀，失去固定蛋黄的作用。由于蛋黄的比重比蛋白小，乌龟蛋横放蛋黄就会上浮，靠近蛋壳，变成贴黄蛋或靠黄蛋。如果把乌龟蛋大头朝上竖放，蛋头内会有一个气室,里面的气体就会使蛋黄无法贴近蛋壳。
2、需要保存的乌龟蛋则不要冲洗，在准备食用前再将蛋壳清洗干净进行烹饪。有的人嫌买回的乌龟蛋太脏，会先用清水把乌龟蛋冲洗干净再保存。但这样不仅会损害乌龟蛋的营养价值，而且会使乌龟蛋液变质。所以我们这时候不应该摒弃那些不必要的干净了。
3、夏季储存乌龟蛋应冷藏。但买回来的乌龟蛋不能直接放进冰箱，要用食品袋或保鲜盒密封好再放进冰箱。因为蛋壳上有沙门氏菌和其他细菌会污染冰箱内的其他食品。最好是在上面铺盖一层保鲜膜。