1、定义不同。蜂巢蜜是蜜蜂完全酿制成熟并封盖的蜜脾，蜂巢蜜，又称格子蜜。利用蜜蜂的生物学特性，在规格化的蜂巢中，酿造出来的连巢带蜜的蜂蜜块、巢蜜既具有分离蜜的功效，又具有蜂巢的特性，是一种被誉为最完美、最高档的天然蜂蜜产品。普通蜂蜜，也就是分离蜜，又叫做分离心蜜或压榨蜜。是把蜂巢中的蜜牌取出，置在摇蜜机中，通过离心力的作用摇出，并经过滤的蜂蜜，或用压榨巢脾方法从蜜牌中分离出来并过滤的蜂蜜。这种新鲜的蜜一般处于透明的液体状态，有些分离蜜经过一段时间就会结晶。蜂巢蜜和普通蜂蜜最大的区别是成熟度不同。
2、外观不同。蜂蜜是由成熟蜂蜜和巢脾组成的，因此整体看起来就像一块巢脾，但并不完全是固体状，颜色与蜜种有关，而普通蜂蜜也叫分离蜜，是从蜜脾中压榨分离出来的蜂蜜，外观呈粘稠的液体状且不同的蜜种有不同的颜色，事实上从外观来看非常容易区别蜂巢蜜和普通蜂蜜，只需要看带不带巢脾即可。
3、成分不同。蜂巢蜜几乎是所有蜂产品的综合体，主要成分是蜂蜜和蜂蜡，尚含少量的蜂王浆、蜂胶、蜂花粉及蜂茧衣等成分，而普通蜂蜜则只含蜂蜜和少量的蜂花粉，因此从营养成分的种类上来说蜂巢蜜要丰富和全面得多，另外蜂巢蜜含有大量的活性酶，而普通蜂蜜基本上没有活性酶(高温浓缩会导致酶类失活)。蜂巢蜜是更接近天然的原始蜂蜜！