1、纳豆含有较高的蛋白质及嘌呤等物质，可诱发痛风、加重肾脏负担，患有嘌呤代谢紊乱的痛风病人和血尿酸浓度增高的患者最好不要多吃；慢性肾功能不全的患者也不宜食用；手术后及伤口未愈合的病人不宜食用。
2、晚餐吃纳豆效果最好。通过实验，专家认为：食用纳豆1小时至12小时之间纳豆激酶发挥溶解血栓的功能。而据统计脑梗塞、心肌梗塞等各种血栓病，发病时间多为清晨及星期一。因此每晚或星期日晚餐吃效果最好。
3、尽可能不加热吃。纳豆激酶不耐热，加热到70℃活性就消失了。所以生吃效果最好
4、必须坚持每天吃。纳豆激酶进入体内后，其活性维持12小时。所以尽可能每天吃30-100g最理想。
5、保质期稍过也能吃。纳豆的保质期为一周，它在冰箱内低温保存过程中，还在进行着缓慢的低温熟成发酵，纳豆激酶和维生素K2也在不断增加。但保质期过后虽然也能吃，只是纳豆菌为了生存不断分解蛋白质，其结果臭味逐渐增加。