1、豆子的清洗与挑选:挑拣并去除异物、虫眼豆、未熟豆、表皮不完整的黄豆。把黄豆洗干净，注意不要太用力，要保证黄豆的表皮是完整的。
2、豆子的浸泡:将黄豆放进容器里，按照1：3的比例加水侵泡黄豆，充分浸泡12～15个小时（夏天10个小时左右）。在浸泡豆子的时要放在阴凉的地方，泡发黄豆到原来的2倍最好。
3、拌料:浸泡后的豆子，用篦子等工具，将水控干。舀纳豆菌培养基（1小勺糖和半勺味精）倒入浸泡洗净后的豆子中，搅拌均匀。1小勺=5g。
4、蒸熟:将泡好的豆子大火蒸5分钟,小火90分钟左右。豆子熟透为止。
5、纳豆菌的接种:趁热将蒸煮好的大豆连同豆汁一起移至清洗并沸水浇烫后的大碗中，上下翻动，冷却到45°度。打开一粒纳豆菌胶囊，取4分之1的量，用20ml冷开水溶开，倒入蒸好的豆子中3—5滴，用无菌筷或勺充分搅拌均匀，盖上湿纱布，（防止发酵时水滴落入纳豆），放入酸奶机中，内胆的盖子不用盖，盖上机子外面的盖子。并露一角纱布在外面，便于空气的流通。
6、发酵:打开酸奶机电源，保温40℃左右，恒温保持20-24个小时进行充分发酵（夏季发酵时间大约为16-20个小时），发酵时间由个人而定，标准为纳豆搅拌一下能拉出很多丝。发酵完成后，还要将纳豆放进冰箱内冷藏一晚，进行熟成，做好的纳豆无论是外观还是口感都会更好。