1、原料不同。虽说桂枝和肉桂都是来自于桂树，但是它们的来源部位区别很大。桂枝：其主要原料是桂树的嫩枝，经过干制切片后制成的一种中药。肉桂：其是以桂树的主干，去掉外面的老皮，取其枝干部位的嫩皮做成的中药。
2、用途不同。桂枝：其用于做中药为主，常作为风寒感冒等外解表的药物食用，少用于做食材。桂枝：其与桂皮的功效差不多，虽然说也可以用来做中药，但是大多数还是用来做调味品，以食材为主。
3、功效不同。桂枝：其在临床上主要是用来治疗上感风寒，因为桂枝性温，归心、肺、膀胱经，轻而走上。肉桂：其在临床上主要是用来治疗阳衰与里寒重症，因为肉桂性热，归心、肝、肾、脾四经，性沉而入下。