1、生产过程上的区别。有机水果在其生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；而普通水果则允许有限使用这些技术，且不禁止基因工程技术的使用.
2、转换期上的区别。生产转型方面，从生产普通水果到有机水果需要2－3年的转换期，而生产普通水果没有转换期的要求。
3、数量上的区别。是数量控制方面，有机水果的认证要求定地块、定产量，而普通水果没有如此严格的要求。
4、生产难易上的其区别。生产有机水果要比生产其他食品难得多，需要建立全新的生产体系和监控体系，采用相应的病虫害防治、地力保护、种子培育、产品加工和储存等替代技术。