1、最好的情况就是等花椒老熟的情况下清理，这时候有部分的花椒都已经裂开了，里面的籽也掉地下了，采摘下来，经过高温晾晒（如果多的话经常翻面以均匀受热，确定干透才行），过后集中分批用筛子筛，很快里面的籽都掉了。
2、以上晒好的情况下还可以用重量法，用晒好的花椒放在簸箕里用适量的力量揉搓（最好带手套），使里面的籽与花椒壳分开，然后用簸箕簸出来，轻一些的花椒壳都会出来的，里面的籽会留在簸箕里可以到入其别的地方，重复使用差不多就会去掉完，注意簸箕簸的方法。
3、机器，有专门用于花椒去籽的机器，大规模地去籽工作，可以使用机器来完成。