1、面积不同
高邮站：高邮站综合客运中心总占地面积246988.47平方米，总建筑面积81031.41平方米。
高邮北站：高邮北站站房总建筑面积2000平方米，站房主体一层长81米、宽22.7米，建筑高度为15米。
2、位置不同
高邮站：高邮站，位于江苏省扬州市高邮市东部新城海潮路南侧，是中国铁路上海局集团有限公司新长车务段管辖的铁路车站，也是连镇高速铁路的中间站。
3、建设历史不同
高邮站：2018年8月，高邮站站房设计获批；2019年2月12日，高邮站开工建设；2020年12月11日，高邮站投入使用。
高邮北站：2019年2月12日，界首镇站开工。2020年7月27日，界首镇站站房外装工程已顺利完工。2020年8月07日，界首镇站更名为高邮北站。10月16日，高邮北站及综合客运枢纽建设工程进入扫尾阶段。12月11日，高邮北站随连镇高速铁路淮镇段同步开通。