1、亚马逊河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5,597米的密斯米雪山的一条小溪，距离的的喀喀湖约160千米，距利马约700千米，密斯米雪山作为源头是在1971年第一次认定，后来更精确的源头位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新确定。溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克河，阿普里马克河汇入乌卡亚利河，乌卡亚利河再与马拉尼翁河汇合成亚马逊河主干流。
2、从马拉尼翁河的支流瓦利亚加河以下，河流就从安第斯山区进入冲积平原，从这里到秘鲁和巴西交界的雅瓦里河，大约有2400千米的距离，河岸低矮，两岸森林经常被水淹没，只是偶尔有几个小山包，亚马逊河已经进入了亚马逊热带雨林中了。