1、两者的实质不同：新三板创新层的实质：指根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为创新层和基础层两个层级，符合不同标准的挂牌公司分别纳入创新层或基础层管理。新三板基础层的实质：指，根据新三板分层制度的有关规定，全国股转系统将所有在新三板挂牌的公司，划分为基础层的层级。
2、两者的规定不同：
3、新三板创新层的规定：最近两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）；最近两年加权平均净资产收益率平均不低于10%（以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据）。最近两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；最近两年营业收入平均不低于4000万元；股本不少于2000万股。最近有成交的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元；最近一年年末股东权益不少于5000万元；做市商家数不少于6家；合格投资者不少于50人。
4、新三板基础层的规定：其它所有未入选创新层的股票，全部列入基础层。需要指出的是，挂牌公司所属市场层级及其调整，不代表全国股转公司对挂牌公司投资价值的判断。
5、两者的意义不同：新三板创新层的意义：通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以最终达成新三板市场持续、健康发展的目标。新三板基础层的意义：随着新三板市场的逐步完善，我国将逐步形成可以满足各种投融资服务需求的多层次资本市场体系。