1、《创世纪》第6章到第9章记载了诺亚方舟的故事。创造世界万物的上帝耶和华见到地上充满败坏、强暴和不法的邪恶行为，于是计划用洪水消灭恶人。同时他也发现，人类之中有一位叫做诺亚的好人。《创世纪》记载：“诺亚是个义人，在当时的世代是个完全人”。耶和华神指示诺亚建造一艘方舟，并带着他的妻子、儿子（闪、含与雅弗）与媳妇。同时神也指示诺亚将牲畜与鸟类等动物带上方舟，且必须包括雌性与雄性。
2、当方舟建造完成时，大洪水也开始了，这时诺亚与他的家人，以及动物们皆已进入了方舟。《创世纪》如此形容洪水刚开始的景况：“当诺亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上”。洪水淹没了最高的山，在陆地上的生物全部死亡，只有诺亚一家人与方舟中的生命得以存活。
3、在220天之后，方舟在阿勒山附近停下，且洪水也开始消退。又经过了40天之后，阿勒山的山顶才露出。这时诺亚放出了一只乌鸦，但它并没有找到可以栖息的陆地。7天之后诺亚又再次放出鸽子，这次它立刻就带回了橄榄树的枝条，诺亚这时知道洪水已经散去。又等了7天之后，诺亚最后一次放出鸽子，这次它便不再回方舟了。诺亚一家人与各种动物便走出方舟。
4、离开方舟之后，诺亚将一只祭品献给神。耶和华闻见献祭的香气决定不再用洪水毁灭世界，并在天空制造了一道彩虹，作为保证。在《创世纪》中，神如此保证：“我使云彩盖地的时候，必有虹现在云彩中，我便纪念我与你们和各样有血肉的活物所立的约，水就再不泛滥、毁坏一切有血肉的物了。”