1、从机构职能来看，中统是国民党中央的情报机构，中统的工作重心是监控国民党机关内部情况，军统是国民政府军事委员会的情报机构，军统属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。
2、从领导人来看，中统:是由国民党C.C系陈果夫、陈立夫所控制，名义上听从蒋介石指挥。军统由戴笠领导，戴笠对蒋介石忠心耿耿，言听计从。
3、从机构性质来看，军统局全称国民政府军事委员会调查统计局，属于政府的内射机构，列入军队系统，主要负责对除军、宪、警等军事部门以及对外的情报安全工作，后来虽几经改组更名，但职责基本维持不变，始终为特务机关。中统局全称国民党中央执行委员会调查统计局，属于党的内设机构，列入政治系统，主要负责除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作，重心是在党政机关内部。