1、经营主体不同。天猫旗舰店是自有品牌的企业，天猫旗舰店所经营的品牌必须为申请天猫店铺的企业所有或企业法定代表人所有。也就是说天猫期间的运营是由品牌方或者品牌授权的代运营机构来经营的。而天猫超市是天猫自有的，由各个商家向天猫供货，天猫销售给消费者并且处理售后问题，商家是直接与天猫进行结算的。
2、经营范围不同。一般情况下，天猫旗舰店只能经营自己品牌的产品，有且仅有一个品牌在销售，而不会出现其他的品牌。如果天猫旗舰店里面出现了许多个品牌反而让消费者觉得这个店铺不伦不类了。而天猫超市与线下超市的经营范围差不多，涵盖了许多的品牌，有天猫这个大品牌做背书，消费者在购物的过程中也会更加放心。
3、通过以上的分析，我们可以了解到二者的优劣势。天猫旗舰店的品牌比较单一，你只能在这里购买到一个品牌，优点就是商家可以专注地做自己的品牌，做到精益求精回馈消费者。而天猫超市是包罗万象的，几乎在线下超市可以买到的东西，天猫超市里面都是可以找到，甚至天猫超市的商品种类更加丰富齐全，而且天猫超市可以送货上门，不用我们把重重的生活用品从线下超市搬回家了，解决了最后一公里的问题。缺点就是产品太多反而让选择困难症的朋友们比较纠结了。