1、低温保存。如果不是经过包埋技术处理过的益生菌固体饮料粉剂，而是益生菌液体等，最好低温冷藏保存，这样才能最大限度地保持其中活性益生菌的数量。一般来说，益生菌活性会随着温度的增加，不断削减，当然也有例外，例如凝结芽孢杆菌，能够在80℃的热水中存活。还有一些特别研制的益生菌也可能在常温，甚至高温中保存。
2、避光。同时，益生菌产品和很多产品一样，要避免阳光直射导致的活菌过度发酵情况。活菌过多发酵，除了影响口味之外，还会损害活性的调节能力。
3、注意保质期。所有的益生菌产品都有保质期，要注意在保质期内吃完，才不至于让益生菌失去活性。一般来说，要用益生菌来调节身体，最好是每天至少一条，按照这个补充量，就不可能存在过期的情况。