1、“SAO”事件已经过去了一年，某日，桐人接到了来自总务省“虚拟课”菊冈诚二郎的奇怪委托。那是突然发生在充斥枪械与钢铁的VRMMO《Gun Gale Online》里的“死枪”事件。被拿着漆黑之枪的谜之角色所击中的玩家，在现实世界里也会随之“死亡”……无法拒绝的桐人答应帮助调查，虽然对于“虚拟世界”对“现实世界”产生物理影响这件事感到怀疑，但他还是登录了“GGO”。
2、桐人将自己在ALO里的游戏转移到GGO里后，虽然遇上了乍看之下很容易被误认为是美少女角色的麻烦，但在经过狙击手少女诗乃的引导之后，顺利参加了决定最强枪手的PvP淘汰赛“BoB”（Bullet of Bullets）。桐人在这个被枪支配的世界里，成为了唯一使用光剑战斗，并不断在“BoB”里获胜的知名角色。他独特的战斗方式成为了玩家间讨论的焦点，知名度也不断上升。
3、次日，隔天举办的“BoB”正式大赛开始了。在聚集了许多强敌的“诸神之黄昏”中，“死枪”终于现出身影。“死枪”究竟是什么人？“虚拟世界”真的能对“真实世界”产生影响吗？桐人即将独自挑战“死枪”！
4、圣剑在结束了死枪事件之后，桐人回到ALO进行游戏，而在GGO的新伙伴诗乃，也在ALO创造了新的猫妖族弓箭手角色后加入了桐人的队伍。某天一行人决定前往ALO的“幽兹海姆”，目标取得稀有道具“圣剑Excalibur”并踏上新的旅途。