1、定义
（1）全民所有制企业是指企业财产属于全民所有的，依法自主经营、自负盈亏、独立核算的商品生产和经营单位。全民所有制企业又称为国有企业，但广义的国有企业还包括国家控股的股份有限公司、有限责任公司和国有独资公司，全民所有制企业只是国有企业的一种。
（2）国有独资公司是指国家单独出资、由国务院或者地方人民政府授权本级人民政府国有资产监督管理机构履行出资人职责的有限责任公司。国有独资公司符合有限责任公司的一般特征:股东以其出资额为限对公司承担责任，公司以其全部法人财产对公司的债务承担责任。
2、区别
（一）法律依据不同：由遵循《企业法》变为遵循《公司法》
国有独资公司是按照《公司法》注册，公司所有权、决策权和经营权分离，权责明晰。
（二）管理体系不同:由注重行政隶属关系变为注重以资产为纽带的产权关系
全民所有制企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长（经理）负责制，注重隶属关系；
国有独资公司是以十六届三中全会制定的“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
（三）治理结构不同：由 “老三会”变更为有机结合“老三会”的“新三会”
全民所有制企业治理结构中的“老三会”是指党委会、工会、职代会，现代治理结构的“新三会”是指股东会、董事会、监事会。