1、配置菌料：
准备一些新鲜的棉籽壳，将麦麸、石膏、木屑玉米芯、石膏粉、过磷酸钙和白糖等材料进行混合，经过消毒之后再与棉籽壳一起搅拌均匀，放在封闭的环境中静置2～4个小时后，再重复以上步骤，三天之后就可以进行装料。
2、播种管理：
在播种之前需要将已经装好的养料进行高压或高温的杀菌消毒处理，之后再将养料放入培养室 。首先将养料铺开均匀的放在播种床上，再对养料进行降温处理，然后向养料中播入菌种进行培养。
3、杀菌管理：
在培养的过程中要注意调整室内的温度，由于菌丝的成长会使得室内温度提高，所以要适当的降低一些温度，让室内的温度保持在二十到二十五度左右，这样才能保证出菌时不会出现问题。
4、出菇管理：
在看到菌丝的实体基本发育完成之后，就可以去除金针菇表面较老的菌种，这样能保持和促进菌种的生长。此外还要保持室内空气的湿度，湿度最少要在90%以上，并且还要保持空气的流通，这样金针菇长出来后会更加的鲜嫩，吃起来口感更好。
5、及时采摘：
发现有已经成熟的金针菇后，要及时的进行采摘。轻轻握住金针菇菌柄的位置，然后将金针菇从根部的位置摘出来。采摘之后再进行之前的种子步骤，等待一段时间后就会有第二批金针菇长出。