1、室内发菌，接种后的金针菇菌袋，宜放置于 20℃恒温的培养室发菌培育，约经25天至30天，菌丝可长满袋。
2、搔菌催蕾，菌丝满袋后，室内发菌培养阶段已告结束，就要及时将菌袋搬到栽培室进行栽培管理，先将棉花塞和套环去掉，把塑料袋拉直成原来的圆筒状，然后进行搔菌处理，就是将培养料表面的菌种块老菌丝扒掉，并轻轻地在表面搔菌，这样让新菌丝露出来接触新鲜空气后，更快促进菇蕾整齐发生。
3、搔菌后，袋口要用报纸或纱布覆盖，然后少量喷水，保持湿润即可，用纱布覆盖，可将整块布放于清水中浸湿稍拧干后拉平覆盖保湿。
4、现蕾出菇后的管理 现蕾之后，要增加通风量降低室温，金针菇发生的适宜温度为 10℃至 18℃,以 5℃至 8℃长的菇质量为好，所以室温不宜超过 20℃,4℃以下又很难现蕾。这一阶段的空气相对湿度应掌握在 90%左右，喷水于报纸之上或地面四周空间喷雾，不可直接喷水于菇面上，切忌高温高湿，报纸或纱布等覆盖物应经常翻动，增加通风量，促进子实体生长。
5、袋式栽培金针菇一般以棉籽壳为培养基地可收3次至4批菇，从搔菌催蕾至第一批菇发生约需1个星期左右，从菇蕾期到采收约2个星期左右。
6、第一批采收结束至第二批菇类出现约需8天气10天，第二批现蕾至采收约10天气12天，第二批至第三批间隔8天左右，出菇至采收也为8天左右，整个栽培周期约需3个月，每袋装干料500克可产鲜菇400克至500克。
7、木屑等培养基栽培周期为2个月左右，采收2批至3批，每袋装干料350克至450克，产菇250克至350克。