1、菌种分离
菌种的分离、纯化和培养是非常困难的，也是非常重要的。用该菌进行组织分离，培养纯化出优良的原菌种。经人工纯化后，扩大培养范围，培养出大量菌株。
2、培植菌种
虫草花培养基通常包括马铃薯、葡萄糖、琼脂、蛋白胨和无机盐等。规模化养殖，采用大米、小麦、玉米、豆类、鸡蛋、牛奶等按配方比例配制培养基，分装于容器（瓶）内后灭菌。
3、细菌接种
制作好培养基后，下一步是将细菌接种到培养基上。这一过程应在无菌条件下进行，否则可能污染细菌和培养基并引入混合细菌。
4、培训菌种
接种后，将培养菌株移入培养室，放在架子上培养。菌丝体的适宜生长温度为15-25℃，子座的适宜生长温度为18-22℃。培养室室需要保持一定的温度、湿度和空气清洁。经过2-3个月的栽培，当子座慢慢变成橘红色或橘棒状时，就可以收获果实。
5、采收保存
当虫草花的子座变成橘红色或橘黄色的棒状，不再生长时，需要用刀或剪刀从基部摘下，放入干净的器具中及时晾干或晾干，但千万不要放在阳光下，这样容易褪色，失去营养价值。干燥后的子座存放在密封的塑料袋中或出售。收获后，应根据不同条件向培养基中加入水或营养液，保持适当的温度，可恢复培养基的生长，并可恢复1-2个茬子座。