1、病虫危害加重：病虫害在连作障碍的发生原因中约占85%左右，常见的枯萎病、青枯病、根结线虫病等病害都是主要通过侵染根系，受害后作物根膨大形成根结，破坏了根组织的正常分化和生理活动，使水分和养分运输不足，导致地上部分生长瘦弱，叶片黄化，开花延迟，结果减少，在干旱条件下，甚至会萎蔫死亡。
2、土壤问题：重茬使土壤盐分含量翻倍，在土壤表面形成这样一层薄薄的白色盐渍。一般耕层都比较浅，化肥常施用于土壤表层，这也加重了土壤的盐渍化程度。土壤中盐分的积累造成了土壤的渗透势加大使得植物根系吸水吸肥能力减弱，从而导致植物生长发育不良；长期施用化学肥料会导致土壤的酸化和板结。
3、土壤养分不均：重茬还会引起土壤养分分布不均，因为一种作物总对某种营养元素需求较多，重茬多年后就会使土壤中某些元素缺乏，而某些营养元素又过剩，导致土壤中营养成分的不均衡，多年的连作又会使土壤固定区域内某种营养成分严重匮乏，从而导致养分失调。