1、浮床设置
用直径8-12cm的竹子制成一个长1.5-2m，宽0.8-1.2m的浮床矩形基架，在矩形基架围合区域内固定聚乙烯泡沫，再在聚乙烯泡沫上按15-30cm的孔间距均匀打孔，孔径控制在25-30cm左右，将放了种植基质的种植篮放进孔内。
2、选种
挑选具有较强耐高温能力、品种优良的无节水芹品种。
3、催芽
种植前7天对种子进行催芽，挑选茎秆粗0.8-1.2cm，长0.8-1.2m，上下粗细一样，节间紧密，没有虫害的种茎，将其上面的杂物去掉，顶梢部分剪掉，用稻草把它们捆成20-30cm粗的圆捆，扎紧之后将种茎交错堆放在阴凉处，上面覆盖稻草，每天上午、下午各浇一次山泉水，以保持湿润，一般7-9天之后，各节的叶腋便会长出1-2cm嫩芽，并完成生根，此时便可进行种植。
4、种植
在水芹种植前10-15天，往池塘内泼洒有机肥，挑选阴天或阳光较弱的天气将水芹种茎种在基质中。
5、水质管理
水芹种茎种植之后，每隔15-20天王池内泼洒石灰浆；种植30-35天后，向池塘内泼洒沸石和枯草芽孢杆菌，调节水质，促进水芹生长发育。
6、追肥
水芹种茎种植5-10天后便可进行追肥，第一次可以按10-16kg/亩氮磷钾复合肥、5-10kg/亩硅肥、5-10kg/亩饼肥进行施撒，之后每隔15-20天再追肥一次，在水芹收获之前，一共追肥3次。
7、适时采收
当水芹高度达到20cm以上时，便可进行分批采收。