1、各地办理方式不同，都是需要去户口所在地的出入境管理中心办理。办理流程以哈尔滨为例。
2、提交申请：申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表》，准备好需要提交的相关证明材料。
3、数码照相：申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。
4、采集指纹：申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
5、受理申请：工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》)。
6、缴纳费用：申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，并领取回执单。
7、制作证件：受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
8、发放证件：申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件;若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。