1、运营时间不同，珠海北站：珠海北站于2009年开工建设；于2011年1月7日投入使用。珠海站：珠海站始建于2009年；于2011年4月全面开工建设；于2012年12月31日正式开通运营。
2、地理位置不同，珠海北站：珠海北站位于珠海市香洲区金鼎镇金峰北路。珠海站：珠海站位于珠海市香洲区拱北街道昌盛路5号。
3、建筑面积不同，珠海北站：珠海北站站厅建筑面积2500平方米，无柱雨棚结构投影面积达7500多平方米。车站共设两层，一层为站厅和设备用房，二层是站台。珠海站：珠海站总建筑面积为69488.44平方米。珠海站主体建筑有四层，地下一、二层分别是出租车站场和社会停车位。地下换乘中心设有6个车行出入口。地上一层是售票和候车大厅，二层则是乘车的站台。