1、产地不同
云南杨梅：顾名思义其产地在云南中部地区，并且向东可达贵州的西部，是生长在海拔1500-3000米的山坡、林缘及灌木丛中。
仙居杨梅：产地位于浙江省台州市的仙居县，是浙江台州的著名特产之一，由于全县实施“杨梅梯度开发工程”，而被称为仙居杨梅。
2、外形特征不同:
云南杨梅：核果为红色，且呈均匀球状，平均直径在1-1.5cm。
仙居杨梅：个头大但内核小，最大的杨梅能和普通乒乓一样大，平均单果重量可达21g，最大的有45g。
3、成熟时间不同
云南杨梅：一般子2-3月开花，6-7月果实开始成熟。
仙居杨梅：一般在6月中旬就能成熟上市，并且大部分的商品果在6月上旬就能上市，7月中下旬下市。上市周期比较短，具有江南仙居的小气候特点。