1、吃生鸡蛋易患传染性疾病；大约10%的鲜蛋里含有致病的沙门氏菌、霉菌或寄生虫卵. 如果鸡蛋不新鲜，带菌率就更高. 细菌可以从母鸡卵巢直接进入鸡蛋，也可以在下蛋时由肛门里的细菌污染到蛋壳上，再经蛋壳上的气孔进入鸡蛋。这些细菌都怕高温，煮沸8min～10min，蛋壳内外的细菌就会被杀灭。
2、生鸡蛋中的蛋白质不易消化；生鸡蛋中有抑制胃蛋白酶活性和肠蛋白酶活性的抗胰蛋白酶，使鸡蛋中的大量蛋白质无法被人体消化吸收。不被吸收的蛋白质在体内可产生很多有害物。抗胰蛋白酶受热会失去活性，因此煮熟鸡蛋有利于营养物质的消化吸收。
3、生鸡蛋导致生物素缺失；生鸡蛋中含有一种蛋白，可以和人体生物素发生反应，生成难以被人体消化的物质，导致人体生物素缺失。生物素不足可影响人体对其他营养物质进行消化，引起消化不良和营养物质缺乏。熟鸡蛋中这种蛋白质变性，所以日常生活中最好不食用生鸡蛋。