1、地区区别：圣女果是从台湾引进的，对于生长环境要求不高，所以很多的地方都能种植，产量也比较大，从每年的7-8月只来年的2月份都能吃到口味纯正的圣女果。而千禧果是从圣女果优选品种中培育出的新品种，产地主要在海南和广西、广东地区，上市时间一般在每年的年底到开春。
2、外观区别：圣女果又称小西红柿、小番茄果、樱桃番茄等，是西红柿品种之一，外观玲珑可爱，果型偏长，色泽偏黄。而千禧果的果型是圆圆的，个头也要比圣女果要小一号，色泽艳丽，呈深红色，特征比较明显。
3、口味区别：圣女果的味道和西红柿的差不多，但是含糖量比西红柿高一些，所以味道有点偏酸，品质好的甜度较高。而千禧果是从圣女果中选育出的，所以它的甜度比圣女果更高，吃起来想水果一样，口感也要比圣女果要好些。