1、科属不同：它们都属于鲶形目，但是鮰鱼是鲿科、鮠属鱼类，鲶鱼是鲶科、鲶属鱼类。
2、体表不同：它们的体表都没有鱼鳞，但是鮰鱼的头部比较小，有两个背鳍，尾巴是分叉的；鲶鱼的头部比较大，只有一个背鳍，尾巴是圆扇形的，体表多黏液。
3、体色不同：鮰鱼的体色为粉红色，背部稍带灰色，腹部为白色，鳍为灰黑色；鲶鱼的体色通常呈黑褐色或灰黑色，略有暗云状斑块。
4、习性不同：它们都属于凶猛肉食性底层鱼类，且都是夜食者，但是鮰鱼达到性成熟的最小年龄为3年，寿命较长，最高年龄为22龄；鲶鱼一般一龄即性成熟，寿命很长，可达70余年。
5、吃法不同：鮰鱼可以剁椒蒸、豉汁蒸、酱汁焖、红烧、豆豉香烤等，其肉嫩味鲜美，无细刺，鱼鳔非常肥厚；鲶鱼可以清蒸、清炖、煮汤、红烧、做肉丸子等，且肉质细嫩，刺少。
6、功效不同：鮰鱼是高蛋白、低脂肪的食物，有养肝补血、降低胆固醇、保护心血管、增强免疫等的功效；鲶鱼含有的蛋白质和脂肪较多，有滋阴养血、补中气、开胃、利尿、催乳等功效。