1、选择处暑前后的晴天采收。
2、用来贮藏留种的百合一定要充分成熟，含水量低，无病，无虫伤。捡球装筐时要去掉茎秆，除去泥土，剪去须根，轻拿轻放，分级装筐，并及时遮光运回室内。
3、选择母鳞茎肥大、整齐度一致、色泽洁白、根系健壮、顶平而圆、苞口完好、无病、无虫伤、无异味、无烂片、下根多且粗壮、分囊清楚(每个种球具有3～4个子鳞茎)的种球做种，无根种球不宜留做种用。
4、对种球进行药剂处理。用500倍液的百菌清和1500倍液的三氯杀螨醇乳油浸种20～30分钟，晾干后即可贮藏。贮藏地点应干燥、通气、遮光。贮藏室应用0.3%的甲醛和高锰酸钾熏蒸1次，切勿将种球放在水泥地面上。
5、在地上铺一层7厘米厚的清洁壤土(手捏成团、手松落地即散)或干细河沙，然后放一层百合，根朝下，排列整齐，再盖一层厚约4厘米的土或沙，上面再放一层百合，根系朝上，再盖一层土或沙，再放一层百合(一般可放3～4层)，最上面用土或沙完全盖住百合。四周用土或沙封严，可贮藏到第二年的春天。在百合贮藏过程中，可在贮藏室内挂置一个干湿温度计，控温控湿，改善通风条件。每隔20～30天检查1次，不宜过多翻动，如发现坏死腐烂的百合种球，应及时清除。
6、百合入药始载于汉朝《神农本草经》，中医认为其性平味甘微苦，无毒，入心、肺二经。能养阴清热，润肺止渴，宁心安神，治肺结核久咳、阴虚咳血、潮热肺痈、热病后余热未清、虚烦惊悸、神志恍惚、失眠多梦、脚气浮肿等症。