1、品种不同，益母草是唇形目唇形科母草属的一年或两年生草本植物，高度在30-120厘米之间，茎上有毛，分枝很多。艾草则是桔梗目菊科蒿属的多年生草本植物，。艾草高度在80-150厘米左右，茎会木质化，分枝很少。
2、外观不同，艾草的背面是白色的，有绒毛。主茎是菱形偏圆。开始长出来的艾草茎叶密集，以后长成灌木后叶片变小了。更重要的是艾草不开花!是用地下根茎来繁殖的。益母草的叶片，就比艾草尖细得多，叶片排列与艾草相似，但是叶尖细长，随着长大叶片变得更加尖细。益母草的主茎是棱形的，比艾草方。更重要的是益母草基本没有什么味道，而且益母草可以开花。
3、功效不同，益母草最广为人知的功效就是活血化瘀，治疗痛经和月经不调了，另外益母草中含有多种微量元素，有滋补气血、美容养颜的效果，因此有妇女之友的美称。艾叶全草可入药，有温经、去湿、散寒、止血、消炎、平喘、止咳、安胎、抗过敏等的作用，每到端午节，人们会把艾草挂在家中“避邪”，干枯后的艾草泡水熏蒸可以消毒止痒，产妇多用艾水洗澡。